Á fjórða áratug síðustu aldar var landinu skipt upp í sóttvarnarsvæði (varnarhólf), sem afmörkuð eru með girðingum ásamt náttúrulegum hindrunum. Upphaflegur tilgangur þessa fyrirkomulags var að varna útbreiðslu sauðfjársjúkdóma sem borist höfðu með innflutningi á karakúlfé frá Þýskalandi árið 1933. Um var að ræða sjúkdómana garnaveiki og mæðiveiki (votamæði og þurramæði). Varnarhólfin voru liður í aðgerðum sem ráðist var í til útrýmingar sjúkdómunum. Fé var fargað á sýktum svæðum og nýtt tekið í staðinn frá ósýktum svæðum. Votamæði var útrýmt árið 1952 en þurramæði 1965. Ekki tókst jafn vel til með garnaveiki og er hún enn til staðar. Eftir að bólusetning var tekin upp hefur tíðni garnaveiki þó minnkað mikið og hefur henni verið útrýmt á nokkrum svæðum.
Varnarlínurnar gegna einnig mikilvægu hlutverki í aðgerðum sem lúta að upprætingu riðuveiki. Sömuleiðis geta varnarlínurnar haft mikla þýðingu við að stemma stigu við útbreiðslu nýrra smitsjúkdóma.
Strangar reglur gilda um flutning á lifandi dýrum, tækjum og ýmsum varningi yfir varnarlínur. Samkvæmt lögum um dýrasjúkdóma nr. 25/1993 er Matvælastofnun heimilt að takmarka eða banna flutning dýra, vöru eða tækja milli eða innan sóttvarnarsvæða telji stofnunin að það valdi eða sé líklegt til að valda útbreiðslu sjúkdóma meðal dýra. Í lögunum segir ennfremur að óheimilt sé að flytja sauðfé til lífs yfir varnarlínur, nema þegar um er að ræða endurnýjun bústofns vegna niðurskurðar af völdum sjúkdóma og/eða vegna búháttabreytinga. Þar segir einnig að sleppi sauðfé yfir varnarlínur skuli því slátrað. Nautgripi og geitur má aðeins flytja til lífs yfir varnarlínur að fram hafi farið sérstök rannsókn á heilbrigði þeirra. Nákvæmari ákvæði um flutning yfir varnarlínur er að finna í reglugerð um útrýmingu á riðuveiki (nr. 651/2001) og reglugerð um flutning líflamba (nr. 550/2008).
Til að auðvelda eftirlit eru mismunandi litir hafðir á eyrnamerkjum í sauðfé eftir því hvaða varnarhólfi þau tilheyra.
Sjávarútvegs- og landbúnaðarráðuneytið birti í september 2009 auglýsingu (nr. 793/2009) þar sem tilkynnt var um breytingu á varnarlínum. Með henni er sóttvarnarsvæðum fækkað úr 36 í 23.
Kortið sýnir með svörtum línum hvernig
varnarlínurnar liggja. Brotalínur eru aukavarnarlínur og litirnir tákna
svæðaskiptingu litamerkinga á sauðfé. Ekki hefur verið tekin ákvörðun um hvort
eða hvernig litamerkingum á sauðfé verður breytt. Þess vegna geta verið fleiri
litir innan hvers hólfs og sami litur beggja megin við varnarlínur. Heiti sóttvarnarsvæða verða birt innan tíðar.