Matvælastofnun hefur eftirlit með gæða-, hollustu- og umhverfisvernd að því er varðar helstu aðföng til landbúnaðar og því óbeint eftirlit með gæðum og hollustu matvæla úr íslenskum landbúnaði . Einnig hefur stofnunin yfirumsjón með heilbrigði sláturdýra, heilbrigðiseftirliti í sláturhúsum og framleiðslu mjólkur. Undir þessum flokki er að finna eftirfarandi efni:
- Matvæli: Erfðabreytt, lífrænt, kjöt, mjólk, neysluvatn, nýfæði, orkudrykkir
- Starfsleyfi: Vinnsla á fiski, mjólk, kjöti, önnur matvælaframleiðsla
- Eftirlit: Stjórnskipulag, fiskur, grænmeti og ávextir, kjöt, mjólk, önnur matvæli
- Aðskotaefni: Flokkun, eftirlit, upplýsingar um ýmis aðskotaefni
- Aukefni: Almennt um aukefni, litarefni
- Bragðefni: Bragð
- Fæðubótarefni: Eftirlit, efedrín, kreatín, karnitín, staðreyndir
- Íblöndun: Bætiefna, barnafæðis
- Matarsýkingar: Sjúkdómstilfelli og ítarefni, upplýsingar um sýkla og þörungaeitur
- Merkingar: Almennar merkingar, endurmerking, fullyrðingar, ofnæmi og óþol
- Sérfæði: Kolvetnasnauðir kúrar , megrunarfæði, ungbarnafæði, reglur
- Umbúðir: Tegundir, húðunarefni, leirhlutir, málmar, merkingar, filmur
- Meðhöndlun og hreinlæti: Innra eftirlit fyrirtækja , leiðbeiningar