Varnarefni eru efni sem notuð eru við ræktun og geymslu matvæla svo sem ávaxta, grænmetis og kornvara, til að draga úr eða koma í veg fyrir skaða af völdum illgresis, sveppa og meindýra. Til varnarefna teljast plöntulyf (skordýra- og sveppaeitur), illgresiseyðar og stýriefni. Stýriefni notuð til að hafa áhrif á vöxt og viðgang ákveðinna tegunda matvæla, t.d. til að draga úr spírun kartaflna og auka þar með geymsluþol. Ákveðnar reglur gilda um notkun varnarefna á vaxtartíma, t.d. hve langur tími skal líða frá notkun þar til kemur að uppskeru. Þá gilda ákveðnar reglur um hvaða varnarefnaleifar (þ.e. leifar af varnarefnum eða umbrots-, niðurbrots- eða myndefnum þeirra) mega mælast í mismunandi matvælum og í hvaða magni. Rétt notkun varnarefna við framleiðslu og geymslu matvæla á að tryggja að litlar sem engar leifar þeirra finnist í matvælum sem tilbúin eru til neyslu. Engu að síður er mikilvægt að fylgjast með magni varnarefna í reglubundnu eftirliti þar sem ýmislegt getur farið úr skorðum á leiðinni frá haga til maga.

Ný reglugerð nr. 672/2008 um hámarksgildi varnarefnaleifa í matvælum og fóðri tók gildi í júlí 2008 og eru nú sömu hámarksgildi yfir 400 efna á öllu evrópska efnahagssvæðinu. Viðauki með hámarksgildum er í reglugerð nr. 1089/2008 um 1.breytingu á reglugerð um hámarksgildi varnarefnaleifa í matvælum og fóðri.